วัดธิคเซย์ เป็นวัดของพระลามะ นิกายหมวกเหลือง หรือ เกลุกปะ (Gelukpa) ซึ่งดาไลลามะองค์ปัจจุบันได้นับถือนิกายนี้เช่นกัน นิกายหมวกเหลือง ถือกำเนิดในทิเบตขึ้นเมื่อราวศตวรรษที่ 14 โดยท่าน ชงคาปะ (Tsongkhapa) พระลามะนักปฏิรูปที่นำหลักพระธรรมวินัย รวมถึงข้อบัญญัติของนิกายหมวกแดง นิงมาปา (Nyingmapa) และนิกายยกดัม ซึ่งเกิดขึ้นก่อนหน้านี้มาชำระปรับปรุงใหม่ คำว่า เกลุก แปลว่า ความดีที่เป็นกุศล จุดเด่นของนิกายหมวกเหลือง คือ พระลามะจะเน้นความเคร่งครัดในธรรมวินัย วัตรปฏิบัติ พระสูตร ที่เป็นวิชาการ รวมถึงการวิเคราะห์ธรรมะโดยวิธีตรรกวิภาษ (คือวิธีการโต้ตอบธรรมะอันมีมาจากต้นฉบับเดิมโดยอิงเหตุผลเป็นหลัก) ในปี ค.ศ. 1546 เมื่อ อัลไตข่าน (Altyn Khan) แห่งมองโกล ได้พบกับท่าน โซนัม เกียตโซ (Sonam Gyatso) ซึ่งเป็นประมุขของนิกายหมวกเหลืองแห่งทิเบต และได้เกิดความเลื่อมใสแรงกล้าเนื่องจากเชื่อว่าลามะท่านนี้เคยเป็นอาจารย์ของท่านเมื่อชาติที่แล้ว อัลไตข่านจึงถวายตำแหน่ง ทะเล (ตามการออกเสียงของมองโกล) หรือ ดาไล (Dalai) ตามการออกเสียงในภาษาทิเบต ให้แก่ลามะสูงสุดของนิกายหมวกเหลือง โดยคำคำนี้ในภาษามองโกลหมายถึง ทะเล หรือ ความกว้างใหญ่ ตำแหน่งดาไลลามะในปัจจุบันจึงสื่อความหมายถึง ผู้มีปัญญาไพศาลประดุจทะเล หรือ The Ocean of Wisom นิกายหมวกเหลืองจึงรุ่งเรืองด้วยการสนับสนุนจากมองโกลนับแต่นั้นมา